Pro Publico Bono
W 2005 roku Fundacja Świętego Mikołaja otrzymała Pierwszą Nagrodę Pro Publico Bono w kategorii inicjatyw z zakresu ochrony zdrowia, pomocy społecznej i charytatywnej za działalność na rzecz solidarności społecznej oraz promocję tradycyjnych wartości życia publicznego, realizowaną z wykorzystaniem nowoczesnych form komunikacji społecznej, zaprezentowaną w programie na rzecz pomocy rodzinnym domom dziecka - "Grunt to rodzina".

TOTUS
W 2006 roku Fundacja Świętego Mikołaja została laureatem nagrody TOTUS w kategorii "Propagowanie nauczania Ojca Świętego Jana Pawła II". Nagrodę przyznała Kapituła w składzie: ks. Bp Tadeusz Pieronek – Przewodniczący Kapituły oraz: Aniela Dylus, ks. bp Kazimierz Nycz, Marcin Przeciszewski, Waldemar Rataj, Andrzej Siezieniewski, Władysław Stróżewski, ks. Andrzej Szostek, Anna Świderkówna, o. Maciej Zięba OP.

Ubi Caritas
W 2008 roku Fundacja została doceniona nagrodą Ubi Caritas za współpracę z Caritas Polska podczas kampanii "Mama w pracy".

Wyróżnienie Pełnomocnika Rządu ds. Równego Traktowania
W 2008 roku Fundacja Świętego Mikołaja wspólnie z Rzeczpospolitą oraz instytutem badawczym MillwardBrown SMG/KRC została nagrodzona specjalnym wyróżnieniem przyznawanym przez Pełnomocnika Rządu ds. Równego Traktowania Panią Elżbietę Radziszewską oraz Panią Prezydent Warszawy Hannę Gronkiewicz-Waltz za zorganizowanie konkursu "Mama w pracy". „Mam nadzieję, że będzie to też zachęta dla innych, by nie bali się podejmować tego typu działań” – komentowała minister Radziszewska podczas przyznawania nagrody. Nagroda została przyznana za działalność na rzecz przełamywania stereotypów wobec pracujących matek oraz wprowadzania nowych standardów zatrudniania kobiet.

Europejska Nagroda Obywatelska
W dniu 31 sierpnia 2011 roku Fundacja Świętego Mikołaja odebrała Europejską Nagrodę Obywatelską za aktywne wspieranie ubogich, zdolnych dzieci w ramach programu stypendialnego „Stypendia św. Mikołaja”. Wyróżnienie przyznawane jest przez Parlament Europejski za projekty promujące aktywne obywatelstwo w Unii Europejskiej. Komisji Kapituły Europejskiej Nagrody Obywatelskiej przewodniczył premier Jerzy Buzek.
Nagroda przyznawana jest osobom i instytucjom, które przyczyniają się do zwiększenia poczucia przynależności do wspólnoty europejskiej, wzajemnego zrozumienia i integracji. Kapituła wyróżniła Fundację Świętego Mikołaja tytułem CIVI EUROPAEO PRAEMIUM. Nagrodę wręczył poseł do Parlamentu Europejskiego pan Paweł Kowal, który zgłosił Fundację do konkursu.

Dobroczyńca Roku 2022 
Decyzją Kapituły Konkursu o tytuł „Dobroczyńca Roku” Radio 357 zostało laureatem w kategorii „Kultura i edukacja”. Wyróżnienie przyznano za konsekwentne angażowanie słuchaczy w liczne akcje społeczne i zbiórki charytatywne, wsparcie dla uczniów znajdujących się w trudnej sytuacji materialnej w czasie pandemii oraz osobiste zaangażowanie zespołu radia – na czele z redaktorem Kubą Strzyczkowskim – w działania dobroczynne. Do nagrody Radio 357 zostało nominowane przez Fundację Świętego Mikołaja. Konkurs „Dobroczyńca Roku” od lat promuje ideę odpowiedzialności społecznej oraz współpracy pomiędzy biznesem a organizacjami pozarządowymi. Jego celem jest wyróżnianie firm i instytucji, które poprzez swoje działania realnie wspierają potrzebujących, rozwijają programy wolontariatu oraz budują trwałe partnerstwa służące rozwiązywaniu ważnych problemów społecznych. Nagroda dla Radia 357 jest potwierdzeniem, że media mogą skutecznie łączyć ludzi wokół wartościowych inicjatyw i inspirować do niesienia pomocy tam, gdzie jest ona najbardziej potrzebna.

Gwiazda Dobroczynności 2024
Podczas XV edycji Plebiscytu „Gwiazdy Dobroczynności”, przyjaciel Fundacji i niezrównany dziennikarz Radia 357, red. Kuba Strzyczkowski, otrzymał nagrodę w kategorii „Gwiazdy wspierają uchodźców i Ukrainę”. Tylko w 2023 roku podczas przedświątecznych licytacji, dzięki wyjątkowej atmosferze i hojności słuchaczy, zebrano rekordowe 1 886 530 złotych. Te środki zostały przeznaczone na wsparcie psychologiczne dla dzieci i młodzieży z Polski i Ukrainy. Dzięki temu w 2024 roku aż 4800 młodych osób, podopiecznych Fundacja Świętego Mikołaja, mogło skorzystać z terapii i zajęć terapeutycznych, które często ratują zdrowie i życie.

Nagroda Specjalna w Konkursie Polka XXI
6 marca 2026 na uroczystej Gali Konkursu Polka XXI wieku w Reducie Banku Polskiego wiceprezes i dyrektor Fundacji Świętego Mikołaja – Joanna Paciorek otrzymała Nagrodę Specjalną w Konkursie Polka XXI. Za wizję, skalę działania i odpowiedzialność. Za łączenie skuteczności z wartościami. Za pracę, która realnie zmienia życie ludzi. Wyjątkowa konferencja pod patronatem Małżonki Prezydenta RP Marty Nawrockiej, zakończyła się uroczystą Galą, na której wyróżniono wybitne kobiety z całej Polski w ośmiu kategoriach. Joanna Paciorek otrzymała nagrodę specjalną, która honoruje całość jej zaangażowania zarówno w działalność społeczną, charytatywną, jak i  związaną z rozwojem kultury i sztuki oraz nauki.

Nagroda w konkursie Grand ESG
W kwietniu 2026 roku Fundacja Świętego Mikołaja zdobyła trzecie miejsce w prestiżowym konkursie Grand ESG w kategorii „Najlepsze Wdrożenie ESG – NGO”. To wyjątkowe wyróżnienie otrzymał program Stypendia św. Mikołaja, który od lat zmienia życie młodych ludzi w całej Polsce. W tym roku szkolnym 2025/2026 przyznaliśmy aż 566 stypendiów, a od 2010 roku wsparliśmy już 4778 młodych osób z niezamożnych rodzin.

Dobroczyńca Roku 2026 
Dnia 9 czerwca 2026 roku decyzją Kapituły Konkursu Radio 357 zostało laureatem 29. edycji Konkursu o tytuł „Dobroczyńca Roku 2026” w kategorii „Dobra współpraca biznesu i organizacji pozarządowych” za wzorcową współpracę z Fundacją Świętego Mikołaja. Jednym z najbardziej rozpoznawalnych efektów tej współpracy są organizowane co roku przed świętami licytacje Radia 357, prowadzone przez red. Kubę Strzyczkowskiego. Konkurs „Dobroczyńca Roku” to wyjątkowa inicjatywa, która od lat pokazuje, że odpowiedzialny biznes może być siłą napędową zmiany społecznej. To okazja do wyróżnienia firm, które nie tylko odnoszą sukcesy biznesowe, ale również biorą odpowiedzialność za swoje otoczenie, wspierają lokalne społeczności, odpowiadają na wyzwania społeczne i środowiskowe oraz budują trwałe partnerstwa z organizacjami pozarządowymi.