Pro Publico Bono
W 2005 roku Fundacja Świętego Mikołaja otrzymała Pierwszą Nagrodę Pro Publico Bono w kategorii inicjatyw z zakresu ochrony zdrowia, pomocy społecznej i charytatywnej za działalność na rzecz solidarności społecznej oraz promocję tradycyjnych wartości życia publicznego, realizowaną z wykorzystaniem nowoczesnych form komunikacji społecznej, zaprezentowaną w programie na rzecz pomocy rodzinnym domom dziecka - "Grunt to rodzina".
TOTUS
W 2006 roku Fundacja Świętego Mikołaja została laureatem nagrody TOTUS w kategorii "Propagowanie nauczania Ojca Świętego Jana Pawła II". Nagrodę przyznała Kapituła w składzie: ks. Bp Tadeusz Pieronek – Przewodniczący Kapituły oraz: Aniela Dylus, ks. bp Kazimierz Nycz, Marcin Przeciszewski, Waldemar Rataj, Andrzej Siezieniewski, Władysław Stróżewski, ks. Andrzej Szostek, Anna Świderkówna, o. Maciej Zięba OP.
Ubi Caritas
W 2008 roku Fundacja została doceniona nagrodą Ubi Caritas za współpracę z Caritas Polska podczas kampanii "Mama w pracy".
Wyróżnienie Pełnomocnika Rządu ds. Równego Traktowania
W 2008 roku Fundacja Świętego Mikołaja wspólnie z Rzeczpospolitą oraz instytutem badawczym MillwardBrown SMG/KRC została nagrodzona specjalnym wyróżnieniem przyznawanym przez Pełnomocnika Rządu ds. Równego Traktowania Panią Elżbietę Radziszewską oraz Panią Prezydent Warszawy Hannę Gronkiewicz-Waltz za zorganizowanie konkursu "Mama w pracy". „Mam nadzieję, że będzie to też zachęta dla innych, by nie bali się podejmować tego typu działań” – komentowała minister Radziszewska podczas przyznawania nagrody. Nagroda została przyznana za działalność na rzecz przełamywania stereotypów wobec pracujących matek oraz wprowadzania nowych standardów zatrudniania kobiet.
Europejska Nagroda Obywatelska
W dniu 31 sierpnia 2011 roku Fundacja Świętego Mikołaja odebrała Europejską Nagrodę Obywatelską za aktywne wspieranie ubogich, zdolnych dzieci w ramach programu stypendialnego „Stypendia św. Mikołaja”. Wyróżnienie przyznawane jest przez Parlament Europejski za projekty promujące aktywne obywatelstwo w Unii Europejskiej. Komisji Kapituły Europejskiej Nagrody Obywatelskiej przewodniczył premier Jerzy Buzek.
Nagroda przyznawana jest osobom i instytucjom, które przyczyniają się do zwiększenia poczucia przynależności do wspólnoty europejskiej, wzajemnego zrozumienia i integracji. Kapituła wyróżniła Fundację Świętego Mikołaja tytułem CIVI EUROPAEO PRAEMIUM. Nagrodę wręczył poseł do Parlamentu Europejskiego pan Paweł Kowal, który zgłosił Fundację do konkursu.
