Misją Fundacji jest rozumieć i pomagać. Od 25 lat pod imieniem naszego patrona, Świętego Mikołaja, pomagamy dzieciom. Jesteśmy ekspertami od wyrównywania szans edukacyjnych dzieci i młodzieży. Pomagamy systemowo we współpracy z licznymi partnerami.
Obecnie naszym najważniejszym programem są Stypendia św. Mikołaja. Celem programu jest wsparcie w rozwoju uczniów szkół podstawowych i ponadpodstawowych osiągających dobre wyniki w nauce, dla których trudna sytuacja materialna stanowi barierę w rozwoju edukacyjnym, i którzy swoją postawą i działaniami promują aktywność na rzecz szeroko pojętego społeczeństwa lokalnego. Comiesięczne stypendia na cele edukacyjne otrzymują zdolni uczniowie z niezamożnych rodzin, którzy nie tylko osiągają bardzo dobre wyniki w nauce, ale także pomagają innym. W czasie pandemii prowadziliśmy akcję "Komputer od Świętego Mikołaja", w ramach której przekazaliśmy ponad 400 dzieciom zagrożonym wykluczeniem edukacyjnym komputery do nauki zdalnej, aby mogły dalej uczyć się i brać udział w zdalnych lekcjach.
W ramach kolejnego programu fundacji – Akademii Liderów Fundacji Świętego Mikołaja, każdego roku młodzież ze szkół średnich uczy się planowania i zarządzania projektami społecznymi poprzez realizację autorskich inicjatyw w społecznościach lokalnych. Już niemal 250 młodych ludzi ze wsi, miasteczek i miast z terenu całej Polski zrealizowało swoje projekty i zaangażowało w nie setki rówieśników i mieszkańców swoich miejscowości.
W 2018 roku uruchomiliśmy nasz pierwszy program zagraniczny - pomoc dzieciom z Aleppo w Syrii. Rok później rozpoczęliśmy pomoc w Mariupolu na wschodzie Ukrainy. Od tego czasu nieprzerwanie udzielamy pomocy syryjskim i ukraińskim dzieciom.
Po rosyjskiej inwazji na Ukrainę w lutym 2022 r. rozszerzyliśmy natychmiast działania pomocowe także na te ukraińskie dzieci, które w poszukiwaniu bezpiecznego schronienia trafiły do naszego kraju i uruchomiliśmy ogólnopolski projekt Przystań Świętego Mikołaja. Przyznaliśmy także stypendia szczególnie uzdolnionym ukraińskim dzieciom uczącym się obecnie w Polsce. We współpracy z partnerem lokalnym otworzyliśmy również Świetlicę Świętego Mikołaja w Iwano-Frankiwsku.
Od początku 2022 r. prowadzimy także program pomocy psychologicznej dla dzieci z Polski, Syrii i Ukrainy.
Fundacja Świętego Mikołaja jest także wydawcą Teologii Politycznej, prowadzi działalność kulturalną, edukacyjną i wydawniczą.